In Arle läßt sich eine mehr als 900jährige Kirchengeschichte nachweisen. Nach der Zeit der Wikinger setzte in Ostfriesland eine erfolgreiche Missionierung ein. Um das Jahr 1070 gab es in den friesischen Gauen, die zum Bistum Bremen gehörten bereits 50 Kirchen. Und es kann davon ausgegangen werden, dass zu diesem Zeitpunkt auch in Arle eine Kirche aus Holz gebaut wurde. Pfostenreste dieser Kirche sind im Erdreich im Innenraum der Kirche nachgewiesen worden. In einer Urkunde aus der Zeit zwischen 1106 und 1116, von der nur noch eine Abschrift aus den 30er Jahren des letzten Jahrhunderts vorhanden ist, wird die Arler Kirche erwähnt. Sie wurde damals von dem Domprobst Werner dem Domkapitel zu Bremen zugeschrieben.

Die Holzkirche muss jedoch bald baufällig geworden sein. Oder sie war für die damaligen Ansprüche zu klein. Denn man entschied sich Anfang des 13. Jahrhunderts zum Bau einer neuen, großen Kirche. Zu diesem Zweck wurde die Warf auf eine Höhe von 8,50 Meter über NN erweitert und es wurde ein Fundament aus Granitquadern angelegt, dessen Tiefe etwa 7,50 Meter beträgt. Darauf wurden die Wände der Kirche aus Tuffstein errichtet, ein Lavagestein vulkanischen Ursprungs aus den Steinbrüchen der Eifel oder aus Schottland. Das Baumaterial wurde mit Schiffen über ein weit in das Dorfgebiet hineinreichendes Tief, den Rendel, der damals zur Entwässserung der Moorgebiete beitrug und sehr viel mehr Wasser führte als heute, zum Bauplatz geschafft. Im Jahr 1229 konnte die Bonifatius-Kirche eingeweiht werden. Die Seitenwände waren 45,30 m lang und 9,50 m hoch. Im oberen Bereich waren jeweils sechs kleine Rundbogenfenster eingefügt. Außerdem befanden sich je zwei Eingänge auf der Süd- und der Nordseite des 12,80 m breiten Kirchenschiffes. An der Ostseite befand sich ein nur wenig eingezogener halbrunder Altarraum mit drei Fenstern und einem Kuppelgewölbe, versehen mit Gemälden, einer Darstellung der Mutter Gottes mit dem Jesuskind und das Bild eines Märtyrers. Das Dach der Kirche wurde mit Blei gedeckt.

Die Kirche zu Arle bekam schon sehr früh eine überregionale Bedeutung. Sie war eine Dekanats- und Sendkirche. Der Ortsgeistliche hatte die Aufsicht über die Geistlichen der umliegenden Gemeinden. Außerdem wurden bei der Bonifatiuskirche in Arle gerichtliche Entscheidungen getroffen.

Zum Gotteshaus gehörte ursprünglich ein ebenfalls aus Tuffsteinen erbauter Glockenturm. Er stand etwa 30 m südlich der Kirche am Rand des Kirchhofes. Weil er bald baufällig wurde, wurde er schon früh wieder abgebrochen. Sein Baumaterial soll beim Bau der Marien-Kirche in Nesse verwendet worden sein.

Im Fundament dieses Turmes setzte man ein 12jähriges Kind bei, weil man davon ausging, dass diese Maßnahme den Turm uneinnehmbar und unzerstörbar machte. Im Zuge kriegerischer Auseinandersetzungen zwischen fehdehungrigen Häuptlingen wurde dieser Turm bereits im September 1430 eingenommen und zerstört. Klägliche Reste blieben aber bis ins 19. Jahrhundert erhalten.

Zu Läutezwecken erhielt die Kirche noch im 15. Jahrhundert ihren dritten Glockenturm. Er war wesentlich kleiner als der zweite Turm und stand an der Südseite der Kirche oben auf der Warf. Dieser Turm wurde mit 4 Schallöffnungen versehen, trug jedoch immer nur drei Glocken. Die übermäßig groß angelegte vierte Schallöffnung hat die Vermutung aufkommen lassen, dass die Dorfbewohner zur Zeit der Erbauung des dritten Turm die Hoffnung hatten, sich die große Glocke der Uttumer Kirche mit einem Durchmesser von 2 Metern und einer Höhe von 1,50 Meter aneignen zu können. Wegen des schlechten Fundaments war der Glockenturm jedoch bereits im Jahr 1770 baufällig und wurde notdürftig repariert. 1854 mußte das Läuten eingestellt werden und im Jahr 1858 wurde der Turm abgebrochen.

Bereits 1858 begann man mit der Planung eines neuen Turmes. Bis zu seiner Fertigstellung im Jahr 1887 vergingen jedoch beinahe 3 Jahrzehnte. Mit seiner Höhe von 42 Metern überragt der mächtige Glockenturm die Gebäude des Ortes bis heute und ist schon von weitem sichtbar.